Le choix d'un agent désinfectant plutôt qu'un autre est important et dépend du type d'eau à traiter. Le dosage doit être optimisé afin d’assurer l'efficacité de la désinfection.
Le dioxyde de chlore est un désinfectant de haut niveau, efficace même à basses concentrations car il possède des qualités uniques (composé neutre de chlore, soluble dans l’eau froide).